住院部污水经污水管导入集水井，集水井进水口处设一格栅槽，安装人工栅格一台，用于去除医疗污水中的大块装的各种悬浮物，防止较大的杂物堵塞水泵机组和后续处理构筑物。污水在集水井自流进入调节（初沉）池，调节（初沉）池用于调整医院污水排放的不均匀性，起到调节水质、水量、部分厌氧水解以及初沉去除悬浮颗粒的作用，调节（初沉）池底部设一定坡度，池的一端设有污泥斗，污泥斗中的污泥定期抽走。调节（初沉）池内安装两台潜水泵，将污水抽送至曝气生物滤池。
    曝气生物滤池，就是在曝气池中堆放一定高度的亲水性填料，使经过曝气充氧的污水以一定的流速流过填料，亲水性填料有一定的流动性，并且长满生物膜，污水流过亲水填料时，在微生物的分解作用下，污水得到净化。污水经过生物滤池后，主要污染指标（如：COD、BOD等）均可达标。曝气生物滤池内配置两台潜水曝气机充氧，同时可起到推流作用。
    曝气生物滤池出水经快滤池进行泥水分离，上清液进入清水池，清水池出水进入消毒池，消毒池通过CLO2发生器供给CLO2，进行消毒（主要处处污水中大肠杆菌），并利用CLO2的氧化作用去除部分BOD、COD，确保出水达标。快滤池利用清水池水进行反冲洗，反冲洗后的污水回流至集水井。
    本工艺剩余污泥很少，考虑到污泥处理系统投资、使用率等问题，建议暂不设置污泥处理设备，采用系统污泥定期清运处理的办法。
    除臭系统采用生物药剂喷淋氧化、吸收法，将系统臭气抽至吸收器，除臭后排除。